Dopo aver studiato diritto presso le Università di Magonza, Losanna e l'Istituto Universitario Europeo di Firenze, e aver conseguito il dottorato e l'abilitazione presso l'Università di Magonza, Astrid Epiney ha lavorato inizialmente come assistente di ricerca presso l'Institut de Hautes Études en Administration Publique (IDHEAP) di Losanna, prima di essere nominata professore di diritto internazionale, diritto europeo e diritto pubblico presso l'Università di Friburgo/CH nel 1994. 

Si è anche formata come "musicista ecclesiastico part-time", ha lavorato come direttrice di coro per diversi anni ed è tuttora attiva come organista. 

Oltre alle attività di insegnamento e ricerca, Astrid Epiney ha ricoperto numerosi incarichi nell'amministrazione universitaria (tra cui quello di rettore dell'Università di Friburgo/CH dal 2015 al 2024) e nei comitati accademici. Attualmente è presidente della Fondazione svizzera per gli studi e vicepresidente del Consiglio di fondazione della Fondazione nazionale svizzera per la scienza. 

È vincitrice del Premio nazionale Latsis (1995), membro della Légion d'Honneur (2011) e titolare della Croce federale al merito di prima classe (2023).