Eine Projektorganisation unter der Leitung von Barbara Hew-Clerici, Kirchgemeindepräsidentin Horgen und Paul Stämpfli, Kirchgemeindepräsident Hirzel wurde ins Leben gerufen. In sieben Arbeitsgruppen wurden Empfehlungen für das künftige Wirken der gemeinsamen Kirchgemeinde erarbeitet. 
Das Team von Innovage Netzwerk Zürich fungierte seit Beginn als externe Projektbegleitung des Zusammenschlusses. In dieser Rolle unterstützte Innovage die Projektleitung in jeder der fünf Projektphasen mit Rat und Tat. Der Prozess wurde so moderiert, dass zeitgerecht brauchbare Ergebnisse vorlagen. Zudem brachte Innovage eine neutrale Aussensicht ein.